Operator Ekonomi yang telah memperoleh pengakuan sebagai AEO (Authorized Economic Operator) diberikan perlakuan kepabeanan tertentu. Perlakuan kepabeanan tertentu berupa perlakuan kepabeanan yang bersifat umum dan/atau khusus.

Perlakuan kepabeanan bersifat umum diberikan kepada semua jenis operator, yang meliputi, namun tidak terbatas pada:

1. Diakui sebagai mitra Direktorat Jenderal Bea dan Cukai;
2. Mendapatkan layanan khusus dalam bentuk layanan yang diberikan oleh Client Manager;
3. Mendapat prioritas untuk diikutsertakan dalam program baru yang dirintis oleh Direktorat Jenderal Bea dan Cukai; dan/atau
4. Mendapatkan layanan konsultasi dan/atau asistensi kepabeanan di luar jam kerja Kantor Pabean.

Perlakuan kepabeanan bersifat khusus diberikan sesuai dengan jenis operator tertentu, yang meliputi, namun tidak terbatas pada:

1. Memperoleh predikat sebagai perusahaan berisiko rendah;
2. Penelitian dokumen dan/atau pemeriksaan fisik berdasarkan manajemen risiko sesuai ketentuan yang berlaku;
3. Prioritas untuk mendapatkan penyederhanaan prosedur kepabeanan;
4. Prioritas untuk mendapatkan layanan kepabeanan;
5. Pelayanan khusus di bidang kepabeanan untuk kelancaran pengeluaran dan/atau pemasukan arus barang dari dan/atau ke Kawasan Pabean di pelabuhan bongkar dan/atau muat dengan mempertimbangkan manajemen risiko; dan/atau
6. Kemudahan yang diatur berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan di bidang kepabeanan dan peraturan perundang-undangan lainnya.

Selain perlakuan kepabeanan tertentu, AEO juga mendapatkan perlakuan berupa:

1. Kemudahan yang disepakati bersama dengan administrasi kepabeanan negara lain dalam Kesepakatan Pengakuan Timbal Balik (Mutual Recognition Arrangement); dan/atau
2. Kemudahan yang diberikan oleh instansi pemerintah sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.